Погугли, поизучал. По ходу что-то не работает врутри.
Нашел такую штуку в логах Apex Language Server
[ApexIndexer STARTING] INFO a.jorje.lsp.impl.index.ApexIndexer - ApexIndexer: ErrorFiles: 275
Наверное что-то с индексацией проекта. Поэтому все ломается и автокомплет один из сломанных элементов.
нашел инфу что для .soql файлов за автокомплит отвечает что-то отличное от Apex Language Server и поэтому там все работает. Мистика блин.